Via metagenoom ziekteverwekkende virussen detecteren van onbegrepen infecties
De cellen van ons lichaam herbergen niet alleen ons eigen erfelijke materiaal maar ook dat van virussen die zijn binnengedrongen. Door dit complete metagenoom te analyseren, is het mogelijk de oorzaak van een virusinfectie te achterhalen. Het LUMC heeft als eerste in Nederland een expertiselab dat dergelijke ingewikkelde analyses uitvoert in het kader van patiëntenzorg. Ellen Carbo heeft de techniek doorontwikkeld. Op 17 mei promoveert ze op dit onderwerp.
Ellen Carbo en Jutte de Vries
Bij patiënten met een ernstige infectie is het belangrijk de boosdoener te achterhalen om vervolgens een adequate therapie te kunnen inzetten. Met standaardonderzoeken bepalen ziekenhuizen of het om een bacteriële of virale infectie gaat. Maar het komt regelmatig voor dat die nooit wordt gevonden. Jutte de Vries van het LUMC heeft met medisch moleculair microbiologen en bioinformatici een methode opgezet om alle mogelijke virussen in één keer aan te tonen, inclusief nieuwe virussen. Zij is klinisch viroloog van de afdeling Medische Microbiologie en associate professor van het Leiden University Center of Infectious Diseases (LU-CID). Samen met promovenda en moleculair bioloog/bioinformaticus Ellen Carbo heeft ze de techniek daarvoor geoptimaliseerd en geschikt gemaakt voor patiëntendiagnostiek.
Software voor virusdetectie
De Vries en Carbo maken gebruik van het metagenoom van patiënten gewonnen uit bijvoorbeeld bloed of hersenvocht, afhankelijk van het ziektebeeld. Dat metagenoom bestaat dus niet alleen uit erfelijk materiaal van de patiënt zelf maar ook uit dat van bacteriën en virussen die iemand bij zich draagt. Carbo: `Als je het metagenoom in zijn geheel gaat sequencen, waarbij we de nucleotidenvolgorde van het DNA bepalen, kun je ook alle informatie over de aanwezige virussen verkrijgen. Daarbij gebruiken we bestaande software voor virusdetectie. Deze puzzelt de stukjes DNA uit de patiëntensample bij elkaar en geeft vanuit een database van alle menselijke en dierlijke virussen aan welk type virus daarbij hoort. Bij een hoge concentratie weet je dat het virus zich op dat moment sterk vermenigvuldigt en dus de veroorzaker kan zijn van de infectie.’ De Vries benadrukt dat de techniek verder is verfijnd en gevoeliger is gemaakt. `Je wilt geen fout-negatieve en fout-positieve resultaten hebben. De test biedt nu voor 90 tot 95 procent zekerheid.’
Monsters uit binnen- en buitenland
Inmiddels weten ziekenhuizen het expertiselab van het LUMC te vinden. Regelmatig komen uit binnen- en buitenland patiëntenmonsters naar Leiden om daarvan het metagenoom onder de loep te nemen en het virus te bepalen bij een onbegrepen infectie. De Vries vertelt dat de test nu alleen in die gevallen wordt ingezet. `De techniek is nog te duur om die al in een eerder stadium van diagnostiek toe te passen. Maar als die goedkoper wordt en de test nog verder is ontwikkeld – dat doen we samen met een sequencing-netwerk binnen de European Society for Clinical Virology waarvan het LUMC kartrekker is – kan ik me voorstellen dat dit in de toekomst laagdrempeliger gebeurt. Soms moeten patiënten bij standaardonderzoeken veel testen ondergaan en wordt de ziekteverwekker nooit gevonden. Onze test geeft in één keer uitsluitsel, ook over nieuwe virussen.’
Bron: LUMC
Het bericht Via metagenoom ziekteverwekkende virussen detecteren van onbegrepen infecties verscheen eerst op MedicalFacts.nl.
Lees het originele artikel
